Su padre, don Juan de San Martín, era el gobernador del departamento; su madre, doña Gregoria Matorras, era sobrina de un conquistador del Chaco.
Se trasladó a España junto con sus padres en el año 1784 donde ingresó al Seminario de Nobles de Madrid. En 1789 comienza su carrera militar en el regimiento de Murcia. Luchó en la campaña de África combatiendo en Melilla y Orán. En 1797 es ascendido a subteniente por sus acciones frente a los franceses en los Pirineos.
En 1797 su regimiento, que había participado en las batallas navales contra la flota inglesa en el Mediterráneo, se rindió en agosto de 1798.
Durante el período que sigue, lucha en diferentes acciones en el sur de España, en Gibraltar y Cádiz, con el grado de capitán 2° de infantería ligera.
En 1808 las tropas de Napoleón invaden la Península y el rey Fernando VII es hecho prisionero. Estalla la rebelión contra el Emperador y su Hermano José Bonaparte, que había sido proclamado Rey de España. Se establece una Junta de Gobierno que actúa primero en Sevilla y luego en Cádiz. San Martín es ascendido por la Junta al cargo de ayudante 1° del regimiento de Voluntarios de Campo Mayor. Distinguido por sus acciones contra los franceses, llega luego a ser capitán del regimiento de Borbón. El ejercito ataca a los franceses y los vence en la batalla de Baylén, el 19 de julio de 1808; allí se destaca San Martín. Esta victoria permite al ejército de Andalucía recuperar Madrid y es la primera derrota importante de las tropas de Napoleón.
San Martín recibe el grado de teniente coronel y es condecorado con una medalla de oro. Continua luchando contra los franceses en el ejército de los aliados: España, Portugal e Inglaterra. Combate a las órdenes del general Beresford en la batalla de Albuera. Conoce a Lord Macduff, noble escocés, que lo introduce a las logias secretas que complotaban por la independencia de América del Sur. Por su intermedio obtuvo un pasaporte para viajar a Inglaterra, donde se encontró en 1811 con compatriotas de América española: Alvear, Zapiola, Andrés Bello, Tomás Guido, entre otros. Todos formaban parte de una logia que había fundado el «Precursor», Miranda, quien, junto con Bolivar, ya luchaba en América por la independencia de Venezuela.
En enero de 1812, San Martín se embarca hacia Buenos Aires en la fragata inglesa George Canning.
En la ciudad de Buenos Aires, el 25 de mayo de 1810 se había constituido la llamada Junta Grande, en forma similar a las juntas de España, que se oponían a la ocupación francesa de la Península, y gobernaban en nombre del rey Fernando VII mientras se encontrara prisionero. Se habían mandado emisarios a los cabildos de las distintas ciudades del Virreinato del Río de la Plata para que constituyan juntas de gobierno y reconozcan a la de Buenos Aires. Las poblaciones se dividen en las que adoptan juntas independientes de España y las que pretenden conservar el poder de los virreyes. La Junta de Buenos Aires nombra un cuerpo ejecutivo que se llamó el Primer Triunvirato. Sus miembros eran: Juan José Paso, Feliciano Chiclana y Manuel de Sarratea. La ciudad de Montevideo no reconoce a la junta de Buenos Aires y emprende hostilidades contra la Capital. En Chile el cabildo se pronuncia contra la autoridad del Virrey. Desde el Alto Perú —hoy Bolivia— los realistas ocupan la provincia de Salta y avanzan sobre Tucumán, defendida por el Ejército del Norte comandado por Manuel Belgrano. El Paraguay se había independizado, adoptando una postura neutral a cargo de José Gaspar Rodríguez de Francia. Vemos que el panorama del río de la Plata no era muy halagüeño a principios de 1812 cuando llega San Martín.
Primeros Actos
A los pocos días de su arribo, le fue reconocido el grado de teniente coronel y el Triunvirato le encomendó la creación de un escuadrón, que luego fue el célebre regimiento de Granaderos a Caballo. Durante el año 1812 se ocupó de instruir a la tropa en las modernas técnicas de combate que conocía por su extensa actuación europea contra los ejércitos de Napoleón.
Además, se ocupó de organizar una sociedad secreta que se denominó la Logia de Lautaro —este era el nombre de un caudillo araucano que defendió la libertad de su pueblo a los comienzos de la conquista española—. La sociedad estaba formada como las logias masónicas de Cádiz y de Londres, similar a la que en Venezuela tenía como miembros a Miranda, Bolívar y Andrés Bello. Su objetivo era: «trabajar con sistema y plan en la independencia de la América y su felicidad». Sus miembros principales, además de San Martín eran: Alvear, Zapiola, Bernardo Monteagudo, Juan Martín de Pueyrredón.